Les premiers établissements humains sur le territoire génois remontent à l’époque préromaine, à savoir aux alentours des IV-Ve siècles av. J.-C.

Publio Cornelio Scipione exploita ce mouillage comme point d’appui pour faire face à l’invasion d’Hannibal en 218 av. J.-C., et la ville fut détruite par les Carthaginois en 205.

Les liguri genuates entretinrent des rapports avec les populations grecques, étrusques et puniques : on trouve des témoignages de cette période au musée archéologique de Gênes, qui conserve jalousement de très précieux vestiges en excellent état.

Conquise par Belisario, qui en fit une ville byzantine, elle devint la capitale du Duché de Ligurie à l'époque lombarde. Elle fut également  sous l’influence de l'Empire Carolingien mais, après la dissolution de celui-ci, certaines des familles génoises les plus importantes s’imposèrent, en se partageant le pouvoir : les Spinola et les Embriaci parmi les principales.

À partir du milieu de l'année Mille, Gênes a acquis son indépendance, les entreprises commerciales commencèrent à jouer des rôles administratifs et la ville se mit à prospérer en tant que puissance mercantile : l'âge d'or des communes était arrivé.

Gênes exerçait une domination totale sur la côte ligurienne et sur une grande partie de la mer Méditerranée, en même temps que Pise et se mit à conquérir les colonies du Moyen-Orient au cours des années des croisades.

En 1162, les différends avec Frédéric Barberousse s’envenimèrent : cette année-là, les murailles de la ville furent étendues pour mieux faire face à cette menace, et portent encore le nom du souverain ennemi. La force indomptable avec laquelle Gênes défendit son indépendance et s’opposa  aux pressions de Barberousse lui a valu le surnom de « La Superbe ».

C’est également cours de cette période que naquit la figure du « podestà » (maire) : une  fonction impartiale et très moderne dans sa conception, personnage choisi par les territoires « étrangers» et qui avait pour tâche de veiller à l’adoption d’actes de gouvernement appropriés.

Du XIVe au XVIe siècle, ce fut la période des Doges, parmi lesquels il faut signaler le nom du premier doge de la République, Simone Boccanegra, qui fut nommé en 1339.

Son père, Guglielmo Boccanegra, fit construire ce que l’on appelle encore actuellement le Palazzo San Giorgio entre 1257 et 1260, en l’année 1407, il fut reconverti en Casa delle Compere et des Banchi di San Giorgio.

Gênes possède une tradition séculaire en tant que ville de marchands et de banquiers appartenant aux grandes familles qui ont contribué à l'épanouissement artistique et architectural de ses rues : des palais de la Via Balbi, nom de la prestigieuse famille dont les origines remontent au XVe siècle, ou Strada Nuova, dont les résidences historiques faisaient partie des « Rolli degli alloggiamenti pubblici di Genova » et sont aujourd’hui englobés dans le Patrimoine Mondial de l'UNESCO : il s’agit des bâtiments les plus prestigieux inscrits sur les listes des familles nobles qui ont eu l'honneur d'accueillir les plus hautes fonctions politiques européennes au cours des siècles, un honneur conféré par tirage au sort. Par après, ces mêmes demeures accueillirent les voyageurs du Grand Tour.

Les familles Balbi, Lomellini, Durazzo, Spinola, Di Negro, Doria et de très nombreuses autres encore se disputaient le prestige au moyen de la magnificence de leurs bâtiments, nombre d’entre eux possédant de petites places en annexe, qui, par le passé, étaient à usage privé, en une compétition qui a laissé de nos jours à Gênes des merveilles qui sont visitées par les touristes du monde entier.

Le politicien le plus important de cette période et, probablement, de toute l'histoire de Gênes, fut l'amiral Andrea Doria, nommé Prince de Melfi par Charles Quint en 1531 : bien qu'il n'ait jamais eu de fonction  politique officielle dans la République, ses extraordinaires compétences militaires et le prestige qu'il a apporté à Gênes lui ont valu le respect et la reconnaissance de ses concitoyens,  ainsi que de nombreux puissants de son temps

L'un des monuments les plus précieux qu'Andrea Doria a laissé à la ville et que l'on peut encore visiter aujourd'hui est la Villa del Principe, une résidence noble avec un très beau jardin, qui appartient encore de nos jours à la famille Doria, mais qui est ouverte au public.

Au XVIIe siècle, la ville a dû faire face aux visées expansionnistes des Savoie et, à partir de la fin du siècle, commença une longue période de relations politiques et commerciales étroites avec la France, ce qui a finalement mené à la cession de la Corse.

Gênes n'a même pas été épargnée par la domination de Napoléon Bonaparte mais, avec la naissance de l'État italien en 1861, a retrouvé son hégémonie en tant que puissance commerciale, en faisant très tôt partie du fameux triangle industriel, avec Milan et Turin.

En 1926, le projet que l’on a qualifié du « Grand Gênes » engloba sous son contrôle administratif des municipalités qui,  jusque-là, avait été indépendantes, comme Nervi, Voltri, Pontedecimo et d'autres.

En raison de son rôle central dans l'élan économique du pays, Gênes a été l'une des villes les plus visées pendant la Seconde Guerre mondiale : on estime que plus de 11 000 bâtiments ont été détruits ou endommagés par les bombardements, mais elle fut aussi le théâtre de la résistance des partisans qui a contribué à chasser les troupes allemandes du territoire.

Le chef-lieu ligurien profita du boom économique des années ‘60 et connut lui aussi les turbulentes luttes ouvrières ou le phénomène de la généralisation du secteur tertiaire, qui remplaça progressivement le secteur industriel.

Depuis le début des années 2000, les activités du port ont à nouveau été mises en valeur et, en 2004, Gênes a été nommée Capitale européenne de la culture.

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