Construite sur une petite église du Ve siècle, d’origine lombarde et dédiée à San Michele Arcangelo, l’église actuelle (Abbaye) de Santo Stefano est un exemple extraordinaire d’architecture romane présente à Gênes. Sa longue histoire, commencée vers 972 par la volonté de l’évêque Théodolphe, a traversé les siècles, en changeant sa physionomie originale, pour arriver à nous enveloppée entre réalité, mystères et légendes en nous racontant une partie de cette ville.

En arrivant de via XX Settembre, l’Abbaye de Santo Stefano est impossible de ne pas la remarquer: elle domine d’en haut, en précédant le majestueux Pont Monumental, dans une version qui attire immédiatement l’attention. Sa "moncatura" de la nef de droite témoigne du processus de requalification urbaine voulu au XIXe siècle, qui conduisit à la réalisation de la Via Giulia, l’actuelle via XX Settembre, en remettant une église tout à fait unique et authentique.

À l’origine construite à une seule nef centrale, avec un presbytère surélevé pour préserver probablement la partie la plus ancienne de l’édifice, au fil des ans on ajouta la coupole de forme octogonale, la nef de gauche et successivement celle de droite, puis abattue. Le clocher remonte probablement à une réalisation antérieure au reste du complexe architectural, avec une fonction initialement de tour de garde.

Une épigraphe sur les fonts baptismaux voudrait témoigner du baptême de Christophe Colomb, selon lequel il aurait eu lieu précisément dans cette église.

On peut y admirer des œuvres d’un certain prestige artistique de l’époque maniériste baroque, comme le martyre de saint Étienne de Julien romain et le martyre de saint Barthélemy de Jules César Procaccini ou la Résurrection de Giovan Battista Baiardo.

Depuis 2004, les jours fériés, sont célébrés les rites liturgiques de l’Église catholique de rite byzantin-ukrainien.