Die heutige Kirche (Abtei) Santo Stefano wurde auf den Grundmauern einer kleinen Kirche aus dem 5. Jahrhundert erbaut, die lombardischen Ursprungs war und dem Erzengel Michael gewidmet war. Sie ist ein außergewöhnliches Beispiel romanischer Architektur in Genua. Ihre lange Geschichte begann um das Jahr 972 auf Initiative des Bischofs Teodolfo und hat im Laufe der Jahrhunderte ihre ursprüngliche Gestalt verändert, um uns heute eine Mischung aus Realität, Geheimnissen und Legenden zu erzählen, die einen Teil dieser Stadt darstellen.

Wenn man von der Via XX Settembre kommt, ist es unmöglich, die Abtei Santo Stefano nicht zu bemerken: Sie thront über dem majestätischen Monumentalbrücke und zieht sofort die Aufmerksamkeit auf sich. Der Umbau des rechten Kirchenschiffs ist ein Zeugnis für die städtebauliche Neugestaltung im 19. Jahrhundert, die zur Entstehung der Via Giulia, der heutigen Via XX Settembre, führte und eine völlig einzigartige und authentische Kirche hinterließ.

Ursprünglich als einschiffige Kirche mit erhöhtem Chor gebaut, um vermutlich den ältesten Teil des Gebäudes zu erhalten, wurden im Laufe der Jahre die achteckige Kuppel, das linke Kirchenschiff und später das rechte Kirchenschiff hinzugefügt, das jedoch später abgerissen wurde. Der Glockenturm stammt wahrscheinlich aus einer früheren Bauphase des architektonischen Komplexes und hatte anfangs vermutlich eine Wachtturm-Funktion.

Eine Inschrift am Taufbecken soll die Taufe von Christoph Kolumbus bezeugen, die angeblich in dieser Kirche stattgefunden hat.

Im Inneren der Kirche kann man Kunstwerke von bedeutendem künstlerischen Wert aus der Manierismus- und Barockzeit bewundern, wie das Martyrium des heiligen Stefan von Giuliano Romano, das Martyrium des heiligen Bartholomäus von Giulio Cesare Procaccini oder die Auferstehung von Giovan Battista Baiardo.

Seit 2004 werden an Feiertagen liturgische Riten der katholischen Kirche des byzantinisch-ukrainischen Ritus in der Kirche durchgeführt.