Costruita su una piccola chiesa del V secolo, di origine longobarda e dedicata a San Michele Arcangelo, l’attuale Chiesa (Abbazia) di Santo Stefano è uno straordinario esempio di architettura romanica presente a Genova. La sua lunga storia, iniziata intorno al 972 per volontà del vescovo Teodolfo ha attraversato i secoli, cambiando la sua fisionomia originale, per giungere a noi avvolta tra realtà, misteri e leggende raccontandoci una porzione di questa città.

Arrivando da via XX Settembre, l’Abbazia di Santo Stefano è impossibile non notarla: domina dall’alto, precedendo il maestoso Ponte Monumentale, in una versione che richiama immediatamente l’attenzione. La sua “moncatura” della navata di destra testimonia il processo di riqualificazione urbana voluta nel XIX secolo, che portò alla realizzazione della Via Giulia, l’attuale via XX Settembre, consegnando una chiesa del tutto unica e autentica.

Originariamente costruita a navata unica centrale, con un presbiterio rialzato per preservare probabilmente la parte più antica dell’edifico, nel corso degli anni si aggiunsero la cupola di forma ottagonale, la navata di sinistra e successivamente quella di destra, poi abbattuta. Il campanile probabilmente risale a una realizzazione antecedente al resto del complesso architettonico, con una funzione inizialmente di torretta di guardia.

Un’epigrafe sulla fonte battesimale vorrebbe testimoniare il battesimo di Cristoforo Colombo, secondo la quale sarebbe avvenuto proprio in questa chiesa.

Al suo interno si possono ammirare opere di un certo prestigio artistico di epoca manieristica barocca, come il martirio di Santo Stefano di Giuliano Romano e il Martirio di San Bartolomeo di Giulio Cesare Procaccini o la Resurrezione di Giovan Battista Baiardo.

Dal 2004, nei giorni festivi, vengono officiati i riti di liturgia della Chiesa cattolica di rito bizantino-ucraino.